O MOP foi elaborado para orientar a execução prática das metas prioritárias do PRH Paraguai, traduzidas em modelos tático-operacionais representados por fluxogramas, em que constam: os responsáveis pelas tarefas que compôem cada meta; os procedimentos que devem ser realizados; os documentos a serem emitidos; os fluxos de informações necessários desde o início do processo até a sua conclusão; os prazos estabelecidos como ótimos; e informações complementares/adicionais.
Além disso, também é possível o acesso a uma curva de avanço da meta, que deverá evidenciar o andamento das tarefas vis à vis o que foi inicialmente previsto.
Em termos de apresentação do MOP, optou-se pela disponibilização de arquivos em formato digital com vínculos de documentos através de hiperlinks (fluxograma → especificações → detalhamentos → documentos de referência → curva de avanço da meta), buscando-se automatizar a aplicação do Manual e possibilitar a identificação de gargalos, quando for o caso, para que sejam feitas intervenções em tempo hábil.
A aplicação do MOP, nos primeiros quatro anos do horizonte do PRH Paraguai (2018 a 2021), será efetivada tanto pela ANA e órgãos gestores estaduais (SEMA/MT e IMASUL/MS) quanto pelo GAP, a quem caberá o acompanhamento da implementação do PRH Paraguai no horizonte de curto prazo do Plano.